参加研讨会的人士对《马家军调查》、对马俊仁发表了不同看法。
关于这部报告文学的社会性意义，中国作协陈建功说，它不仅是马家军调查，也是中国体育管理、培养机制的调查，是中国文化深层结构的调查，更是不能不使每人都深思的人生调查、人性调查。中国社科院曾镇南则认为，马家军现象有很多特殊的东西，不能把这个现象自由地发挥成对整个人性、农民性、整个国家体育体制等的反映。体育表现的是力量和美，更高更美更强就是更好的人性。
关于作品的文学意义，与会人士普遍认为，作品之所以受到普遍关注和好评，决定性的因素就是它的真实性和批判精神。中国体育大学卢元镇认为，作为文学形象的马俊仁是立体的、丰满的，是头上既不带光环，也不带荆刺的活生生的人，因此具有文学感染力。但曾镇南认为，该书对于马俊仁如何训练队员、凝聚队伍创造辉煌，尤其是他的觉悟写得不够。另外，报告文学虽然注重真实性，但还有一个提炼的问题，骂人的话不一定都往上写。
关于马俊仁，人民体育出版社鲁光说，虽然马俊仁身上有很多毛病，但他无疑是个英雄，作为一个教练员来说，他是很成功的，我们不能用一个思想工作者来要求他。但山西作协谢泳表示，中国人“成者王侯败者贼”的思想非常可怕，成功未必合法合理。
赵瑜说，回头看来，某些地方我完全可以为老马作一些修饰和解释，使大家更全面地了解他。比如，他对运动员有粗暴、严厉的一面，也有爱心的一面，运动员在外面训练受到小流氓的欺负，老马挺身而出，冲到街上和他们打成一团。这样的情景，可以使大家进一步理解马俊仁，但我做得不够。老马曾长期在体育界没有地位，能够坚持到今天，确实是我们民族一个难得的英才。假如我的作品真的给老马带来什么伤害，绝对不是我的本意。如果有什么地方没写好，给读者或媒体以误解，我表示道歉。
另据《大河报》（98．5．22）报道，赵瑜在接受记者采访时表示，希望各方面平静、客观、真实地看待“调查”。我对基本事实是尊重的，对所描写的人物是爱护的，如果诉诸公堂的话，我既感到遗憾，也泰然处之。
《中国作家》常务副主编章仲锷说，《中国作家》和作者一样，怀着善意和真诚面对马家军这样一支夺得了荣誉和辉煌的队伍，从中国体育事业长远利益出发，我们对马俊仁身上的某些缺点和不足采取了实事求是的态度。为了大局，我们很注意分寸，笔下是作了适当保留的。我们对某些小报故弄玄虚、断章取义的做法表示遗憾和不满。为此，《中国作家》发出紧急启事，反对媒体任意跳跃“摘”“选”《马家军调查》，误导读者，伤害其中主要人物，摘选转载至少应做到全面反映，作者与本刊保留依法追究的权利。
《体育时报》（98．5．27）在有关报道中涉及了王军霞对此事的反应。她说，我不希望通过媒体的炒作增加新的矛盾。关于这篇报告文学的真实性，王军霞说：“关于我的内容都是真实的，其他部分我无权评价。”
近日，王军霞给赵瑜发来了一封信，她说，在您采访完毕即将离去的时候，我们含泪向您强调再三，我们不是攻击马教练，而是希望他能冷静地通过这本书看一看我们的内心，看看我们为啥最终离他而去。我怀着激动的心情读完了这本书，感触太深了，并对我们的过去有了更为深刻的认识。这是我们的悲剧，也是马指导的悲剧，更是中国竞技体育体制下的悲剧，这当中的损失是巨大的。同时，我对马指导有了更全面的认识，他是不容易的，他培养了我，我永远感激他。我的带头离去对他的打击无疑是极其沉重的，对此，我愿意向他请罪。
前辽宁体委主任、现辽宁社会科学院院长阎福君为研讨会寄来了近万字的书面发言。他说，在认真阅读了《马家军调查》后，我内心里升腾起了深深的欠疚感。我最大的欠疚是对那群姑娘们，她们受到了那么多肉体和心灵的摧残，在艰苦的煎熬中，她们的呼声我竟然毫无所知！近日来，一闭上眼，脑海里就会浮现出孩子们流着泪水的痛苦表情。没能照顾好这些孩子，使她们身心健康地成长，这是我在体委工作期间最大的遗憾。
对于马俊仁，阎福君说，作为教练，马俊仁有其精明、干练、坚韧、向上的一面，也有其粗暴、狂傲、卑琐的一面。他率领马家军的姑娘们创造了田径史上绝无仅有的卓著功勋，他是七分成绩三分错误。对于他身上的一些错误的、卑琐的、失败的甚至违法的东西应该很好地总结，这对于他个人，对马家军的发展都有利。
《马家军调查》“统统是谎言，是诽谤”
据《北京青年报》（98．5．23）报道，马俊仁21日在与队员进行常规训练时突然腹部剧烈绞痛被送进医院，初步诊断结果为：脑部囊肿、结肠动脉硬化和曲张导致的结肠肠膜脱落。辽宁田径培训中心党支部副书记刘志固在电话中说：“老马最近的精神压力一直很大，《马家军调查》对他造成了极大的伤害，有队员被不明真相的家长领走，整个队伍陷入了一种不稳定的状态。”
马俊仁住院当天，辽宁体委主任崔大林立即致电马家军，要求刘志固“以党支部的名义给运动员召开紧急会议，确保现有队伍的稳定”。
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